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  Amber中国代理 产品介绍

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版本: 最新版 所属分类: 编程开发
更新日期: 10/8 2021 推荐星级:
软件大小: NA MB 网站地址: www.ambermd.org

下载次数:

18660 次 授权性质: 先试用后购买

购买销售电话:

021-32120333 软件语言: 英文
代理商性质: 核心代理商    
运行平台: Win9x/NT/2000/XP/2003/Vista/7/2008 下载地址:
价格:请咨询相关销售人员        
  详细介绍  
Amber中国代理

具体描述:
Amber(Assisted Model Building with Energy Refinement)这个名词通常涉及两个产品:一个是一套生物分子模拟的分子立场;另一个是由TSRI&UCSF发布的包含代码和演示的分子模拟软件包,由AmberTools和Amber组成,Amber是一个多个程序的集合包,大约包含50多个程序,相互协调工作。

主要的程序有:
sander:Simulated annealing with NMR-derived energy restraints,用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数,进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序,并且支持QM/MM(量化/动力学)运算。
nmode:使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序,用于寻找局域最小值,进行振动分析,寻找过渡态。
LEaP:X-window程序,用于基本模型,AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器,可以创建氨基酸残基并对大分子进行修饰。
antechamber:该程序套件对大多数有机分子和金属配位中心自动产生力场描述。它从结构开始(通常是PDB格式),产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致,另外还可以和高斯兼容,生成高斯计算的输入文件用于量化计算。
ptraj和carnal:用于分析MD轨迹,计算参考结构的RMS偏差,氢键分析,时间相关函数,扩散特性,等。
mm_pbsa:脚本,对MD轨迹自动后期处理,用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的氨基酸残基片断中去,并估算不同构像之间的自由能量差。
pmemd:这是一个在sander基础上进行重大修改的程序(最初由Bob Duke发起),用于优化周期性、PME模拟以及GB模拟过程。新版本Pmemd的计算速度要比Sander快,而且更适用于并行。此外,11版新增NVIDIA GPU加速,因此,它通常是一可选程序,除非你需要的选项它不支持。在新版模型中,我们可以理解为:sander是研究新的性质的有效手段,pmemd如同“生产”的代码,是实现Sander常用的一个行之有效的工具,在高性能环境中表现良好。
ptraj:这是用来分析MD轨迹,计算的各种数据,如:相关结构的均方根偏差,氢键分析,时间相关函数,扩散行为等等。

Amber最主要的优化是在pmemd程序上,尤其是对其GPU版本,速度上有了非常大的提高。新功能包括:
      GPU支持下的TI和FEP自由能计算;
      GPU支持12-6-4离子势能;
      CPU版本目前支持区域划分的并行策略,大大提高速度;
      GPU支持Nudged elastic band方法的计算;
      GPU支持等pH模拟;
      对新型的GPU卡如Maxwell, Pascal 和Volta 等优化,亲测,速度与16相比快很多;
      提供新的支持可极化立场amoeba的新程序pmemd.gem.


以上是Amber中国代理软件的最新版产品介绍简介,有关于Amber中国代理软件的购买,使用教程,免费下载,服务技术支持,帮助测试,功能更新升级,试用版支持及销售报价价格表等请致电核心代理商购买销售电话。

买软件网为Amber中国代理软件的正版软件销售公司,核心代理商,经销代理商及合作伙伴。
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